《三國志孔明傳》的主要改變就是將主角換成了孔明。因此游戲的第一章便是從三顧茅廬開始,總共有15幕包括大小戰(zhàn)役47個。游戲在前作基礎上有新增了大量寶物,并且提供了道具和兵器的收藏功能。游戲在劇情上的大體流程基本上采用《三國演義》為藍本,不過基于游戲的完成性必要在五丈原戰(zhàn)役之后就采用了假想劇情,在這場戰(zhàn)役中玩家可以讓孔明詐死以此躲過一劫,最終完成復興漢室的大業(yè)。為了盡可能貼近史詩,光榮還在游戲設定上做了一些手腳,如果玩家在游戲中按照史實制定作戰(zhàn)策略便可以事半功倍。游戲中還設置了多結(jié)局的劇情,不同的玩法有著不同的結(jié)局,也就是說,諸葛亮的最后結(jié)局是怎么樣的,全都依靠玩家的玩法。