Ledock(分子對(duì)接軟件)

Ledock是一款專業(yè)的分子對(duì)接軟件，適用于專業(yè)人士使用。Ledock用于對(duì)子對(duì)接的軟件。用于大規(guī)模的虛擬篩選，其運(yùn)行速度快。Ledock對(duì)于從事科研工作的朋友有一定的幫助，有需要的朋友歡迎使用。

軟件簡(jiǎn)介：

Ledock是一款分子對(duì)接軟件，支持大規(guī)模虛擬篩選，其運(yùn)行速度快，分子對(duì)接依據(jù)配體與受體作用的“鎖-鑰原理”，模擬小分子配體與受體生物大分子相互作用，從事相關(guān)科研工作的朋友可能會(huì)用到！

使用方法：

軟件有兩個(gè)選項(xiàng)卡，其中LePro用于分子蛋白處理，可去除蛋白中的離子、金屬、水分子等，會(huì)生成分子對(duì)接要用到的IN文件。在確定了對(duì)接參數(shù)后，可使用LeDock項(xiàng)目來進(jìn)行分子對(duì)接。

一、蛋白準(zhǔn)備

在LePro標(biāo)簽的Protein input中選擇3cl0.pdb的路徑（注意路徑中不能含有中文），然后軟件會(huì)自動(dòng)在選擇在該路徑下生成pro.pdb（處理過后的蛋白的pdb文件）及dock.in（用于下步分子對(duì)接的參數(shù)文件），點(diǎn)擊Add Hydrogen，上述2個(gè)文件就會(huì)立馬生成。dock.in文件包括了均方根偏差（RMSD），Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表示對(duì)接出來的構(gòu)象聚類時(shí)RMSD的截?cái)嘀�；Binding pocket表示結(jié)合位點(diǎn)的3維坐標(biāo)，分別為Xmin Xmax，yminymax，Zmin Zmax；Numberof binding poses表示生成的構(gòu)象個(gè)數(shù)，經(jīng)聚類后產(chǎn)生的構(gòu)象數(shù)會(huì)少于之前所生成的數(shù)目。

二、分子對(duì)接

在LeDock標(biāo)簽的Protein input，Docking input中分別指定上一步生成的pro.pdb與dock.in文件的路徑，在Ligand input中指定需要進(jìn)行對(duì)接的配體——lig.mol2的路徑（該路徑需和前兩個(gè)文件的路徑相同，且對(duì)接的分子需要為mol2格式）。最后，點(diǎn)擊Start docking，會(huì)生成Iig.dok文件（對(duì)接產(chǎn)生的化合物構(gòu)象所在文件），該文件可用Pymol來觀察化合物的構(gòu)象。