生物形態(tài)軟件(ntsyspc)

ntsyspc是一款免費的生物形態(tài)分析軟件，這款軟件可以用來研究數(shù)據(jù)點樣本，這些樣本可能來自兩個或多個不同的群體,或者使用鄰接法或UPGMA方法構(gòu)建聚類圖來評估進化樹。同樣可以用于發(fā)現(xiàn)某些子集中的變異是相互關(guān)聯(lián)的。

功能特征：

1、相似性和差異性：關(guān)聯(lián)、距離、34個關(guān)聯(lián)系數(shù)和11個遺傳距離系數(shù)。 
2、聚類：UPGMA和其他等級結(jié)構(gòu)的SAHN方法（可以是多重關(guān)系）、鄰接法和共同樹的幾種形式。 
3、圖論方法：最短長度的生成樹和用鄰接法繪制圖片（可以是無根系統(tǒng)樹）。 
4、排序：主成分或主坐標(biāo)分析、對應(yīng)分析、度量與非度量多維尺度分析、奇異值分析和Burnaby方法、典型分布隨機分析、方案的多因素分析、常見的主成分分析、偏最小二乘、多關(guān)聯(lián)性和典型相關(guān)。 
5、圖片互動：表征圖、物種樹、二維散點圖，相似性和差異性矩陣的對比、傅立葉的大綱圖、Procrustes繪圖和三維視點繪圖。 
6、多變量測試：典型變量分析、協(xié)方差矩陣測試、維數(shù)測試、廣義多元回歸分析。同時還有輔導(dǎo)程序和模擬實驗內(nèi)容。 
7、幾何形態(tài)測量：包括Procrustes分析的特殊組件，用于疊加重點結(jié)構(gòu)，繪制Procrutes分析的結(jié)果圖片，繪制輪廓圖片和輪廓形狀的傅立葉系數(shù)（包括2D和3D橢圓圖片）和部分2D和3D的彎曲系數(shù)并估算統(tǒng)一部分。 
8、其他：由同表象相關(guān)、Mantel測試，3-way Mantel測試，數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和矩陣轉(zhuǎn)化等進行矩陣對比。矩陣可分割或合并。

使用方法：

一、數(shù)據(jù)的處理

1、讀板

2、把每一個引物的讀板數(shù)據(jù)用Excel表格排成一列： 

eg：10個材料用satt140讀出5個多態(tài)性位點應(yīng)列表——

3、再把上表列成NTSYS能識別的格式—— 

eg：10個材料用satt140讀出5個多態(tài)性位點應(yīng)列表—— 

（有帶讀1、無帶讀0、缺失讀999）

注：一般情況下不只是satt140一個引物，而是多個引物，則應(yīng)該把各個引物的如上數(shù)據(jù)合

成在一個工作簿中，并只保存一個工作表sheet1，輸入完畢后，將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤，如下圖——（這樣就可以用NTSYS－pc分析）

二、NTSYSpc用法 

1、生成矩陣：在excel按如下規(guī)則輸入數(shù)據(jù)，A1=1表示有帶記為1，B1=10表示擴增的總條帶數(shù)， C1=5表示樣本數(shù)，D1=0表示無帶記為0。第二行表示的是樣本名稱。從第三行開始的A列表示引物名稱。見下圖：

輸入完畢后，將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤。并且只能保存sheet1一個工作簿。（注：這里的B1和C1顛倒，應(yīng)該在qualitative data一步中選by rows）

2、生成系統(tǒng)樹： 

打開NTSYS-PC程序，點擊similarity出現(xiàn)如下界面

點擊input file，打開生成的excel文件，點擊out file起一個文件名（假設(shè)叫A），然后點擊compute按鈕。繼續(xù)點擊clustering，出現(xiàn)下面的界面，

再點SHAN，出現(xiàn)如下界面：

點擊input file，打開文件A，點擊out file起一個文件名（假設(shè)叫B），然后點擊compute按鈕。然后點Graphics