分子生物學(xué)軟件GSL Biotech SnapGene

GSL Biotech SnapGene是一款專業(yè)的分子生物學(xué)軟件，這款軟件提供了設(shè)計(jì)引物，酶切位點(diǎn)，氨基酸翻譯，密碼子優(yōu)化，序列本地或者網(wǎng)上blast比對等功能，還可以搜索和自定義feature和導(dǎo)入之前的所有引物，功能十分強(qiáng)大！

功能特色：

In-Fusion克�。阂环N多功能，多功能的方式，可創(chuàng)建無邊界基因連接。 SnapGene是第一個(gè)模擬這種方法的軟件。只需選擇您想要混合的DNA片段，程序就會(huì)設(shè)計(jì)它。

GibsonAssembly：許多研究人員正在將Gibson裝配轉(zhuǎn)換為質(zhì)粒而不使用限制酶。 DNA片段通過PCR連接以干擾。

PCR和誘變：引物設(shè)計(jì)后，它們可用于常規(guī)PCR克隆，共PCR擴(kuò)增或誘變。得到的DNA序列文件可立即用于進(jìn)一步操作。

自動(dòng)文檔：自動(dòng)記錄模擬項(xiàng)目中的步驟。每次編輯或模擬序列時(shí)，此方法都會(huì)自動(dòng)記錄在圖形歷史記錄中。模擬DNA的結(jié)構(gòu)后，您可以使用歷史作為實(shí)驗(yàn)方案。

瓊脂糖凝膠電泳：使用先進(jìn)的算法創(chuàng)建逼真的瓊脂糖模擬。有限部分以三種模擬凝膠格式，數(shù)字列表和序列圖顯示。您可以使用此模擬凝膠來規(guī)劃診斷約束或?qū)�圖像與預(yù)測模式進(jìn)行比較。

使用步驟：

首先介紹Snapgene的主要界面：

最下方的視圖欄：

（點(diǎn)擊下方的圖標(biāo)按鈕可以進(jìn)行相互切換）

最上方的菜單欄：

對應(yīng)的功能如下：

Map：顯示圖譜

Sequence：顯示序列信息

File：打開、建立、保存相關(guān)文件等

Edit：編輯功能，包括復(fù)制選中一些序列等

View：切換幾個(gè)視圖等

Enzymes：顯示、選擇酶切位點(diǎn)等

Feature：顯示、增加（命名）一些片段等

Primers：添加引物等Action：插入融合一些片段

Tool：模擬電泳、序列比對、查看DNA分子量、查詢簡并密碼子、氨基酸等

然后我們介紹這個(gè)軟件的四個(gè)視圖：

視圖一：Map

直接打開任一質(zhì)粒圖譜（以pUC57為例），點(diǎn)擊Map按鈕，得到如下界面：

：顯示酶切位點(diǎn)。點(diǎn)擊該按鈕，得到如下界面。

：顯示質(zhì)粒圖譜的開放閱讀框及轉(zhuǎn)錄方向。點(diǎn)擊該按鈕，得到如下界面：

：顯示ORF的片段大小、GC%值等一些信息。點(diǎn)擊該按鈕，得到如下界面：

視圖二：Sequence

點(diǎn)擊Sequence按鈕，得到如下界面：

：顯示編碼的氨基酸序列。點(diǎn)擊該按鈕可以切換氨基酸的全稱和縮寫。

：點(diǎn)擊該按鈕，選擇All6 frames，可以得到所以所有序列編碼氨基酸的情況。

視圖三：Enzymes

點(diǎn)擊Enzymes按鈕，得到如下界面，可以看到不同酶切位點(diǎn)在序列中位置：

視圖四：Features

點(diǎn)擊Features按鈕，得到如下界面，顯示一些常用元件（含元件的位置、大小、功能等信息）：

這次我們所講的這些功能，主要是在最上方的菜單欄進(jìn)行操作完成：

一、批量添加不同的酶切位點(diǎn)

1.點(diǎn)擊菜單欄Enzymes→ChooseEnzymes，可以有選擇的顯示不同的酶切位點(diǎn)。

2.點(diǎn)擊RemoveAll，清空右側(cè)的內(nèi)切酶，在左側(cè)框內(nèi)選擇需要顯示的內(nèi)切酶進(jìn)行添加。

二、對片段進(jìn)行命名

1.在sequence視圖,選中需要命名的序列，點(diǎn)擊菜單欄Feature→Add Feature，彈出以下窗口：

Feature：給該片段命名。

Type：選擇該片段的類型，點(diǎn)擊右側(cè)箭頭選擇不同的閱讀方向。

Color：選擇顏色。

三、給質(zhì)粒圖譜增加引物序列

1.點(diǎn)擊菜單欄Edit→Find（或Ctrl+F），輸入引物序列，找到質(zhì)粒序列對應(yīng)位置。

2.點(diǎn)擊Primers→Addprimer，彈出該界面：

3.按上下游引物選擇TopStrand還是BottomStrand，在Primer處可給該引物命名，隨后即可顯示該引物在圖譜Map中的位置，也可以將常用的通用引物建到一個(gè)txt文檔中，利用importprimer from a list 進(jìn)行添加。

四、模擬標(biāo)準(zhǔn)限制性克隆

1.打開被插入片段的質(zhì)粒圖譜，選擇合適的兩個(gè)酶切位點(diǎn)，如xbal和EcoRV，點(diǎn)擊菜單欄Actions→InsertFragment，點(diǎn)擊xbal+Shift鍵+EcoRV。

2.點(diǎn)擊Insert，在sourceof fragment處選擇插入的目的片段來源。

3.點(diǎn)擊上述同樣的酶，給該重組質(zhì)粒命名，點(diǎn)擊clone。

五、模擬融合克隆

1.打開一個(gè)需要插入片段質(zhì)粒圖譜，點(diǎn)擊菜單欄Actions→Insert One Fragments，彈出以下窗口：

2.切換到sequence視圖，找到想要發(fā)生替換的位點(diǎn)。

3.點(diǎn)擊Insert，在Source of Fragment處選擇拼接或替換片段的另外一個(gè)質(zhì)粒圖譜。此時(shí)彈出另外一個(gè)質(zhì)粒圖譜圖樣。

4.點(diǎn)擊用于替換的片段，觀察該片段閱讀方向與被替換質(zhì)粒位點(diǎn)的方向是否一致，如不一致，點(diǎn)擊更換方向。

5.選擇后，點(diǎn)擊Product，點(diǎn)擊Choose Overlapping PCR Primers，此時(shí)即形成融合后的質(zhì)粒圖譜。

六、模擬電泳功能

1.點(diǎn)擊菜單欄Tools→SimulateAgarose Gel，顯示如下界面：

2.點(diǎn)擊MW可以選擇不同的Marker,其中點(diǎn)擊1.2.3.4……分別代表不同的泳道，通過選擇不同的酶切位點(diǎn)，模擬各個(gè)泳道的電泳結(jié)果。

3.以第一泳道為例：點(diǎn)擊選中l(wèi)ine1，選擇BanI、BfaI兩個(gè)酶切位點(diǎn)，得到模擬電泳結(jié)果，如下圖：

七、序列比對功能

1.打開一個(gè)原始待比對的序列片段，點(diǎn)擊菜單欄Tool→Alignwith other Sequences或Alignwith Copied Sequences，如下圖所示：

2.在本地文件中將需要比對的序列峰圖全部選中，點(diǎn)擊打開

3.得到如下比對結(jié)果，點(diǎn)擊sequence可以看出每個(gè)樣品的堿基缺失情況：

點(diǎn)擊箭頭，查看峰圖

相比于比如BioXM、Seqman……，SnapeGene在序列比對功能上更加智能，實(shí)現(xiàn)了同時(shí)比對多種序列和查看峰圖等功能。